El colegio existe desde el año 1929. El nombre surge del señor Francisco Javier Fernández Bello, quien donó un terreno en la vereda de Barrancas, del entonces municipio de Usaquén, con destino a la construcción de una escuela rural a la cual se le dio el nombre Agustín Fernández, en memoria de su hijo, muerto a los 29 años. El 28 de agosto de 1989, día de San Agustín nuestro patrono, se bendijo el colegio y se estableció esta fecha como Día del Colegio. La escuela San Bernardo, hoy sede B, se fundó en 1965 en el barrio Cerro Norte, como iniciativa de la comunidad liderada por el sacerdote Bernardo Hoyos Montoya y la Junta de Acción Comunal. La escuela Santa Cecilia, hoy sede C, se encuentra ubicado en el barrio del mismo nombre.