La institución lleva el nombre del insigne educador José Maria Restrepo Millán, nacido en 1894 y fallecido en 1955 en la ciudad de Bogotá. Ante el gran crecimiento de la población escolar en los barrios del sur, se inicia en 1959, una campaña cívica pro colegio nacional, encabezada por líderes de los barrios Quiroga, Tunjuelito y Claret. En el gobierno del doctor Alberto Lleras Camargo, y siendo Ministro de Educación Nacional el doctor Gonzalo Ocampo Alvarez, se creó mediante decreto No. 2440 del 4 de noviembre de 1961, el Colegio Nacional ´ Restrepo Millán; inició labores en abril de 1962, en el sitio donde hoy funciona el Colegio Nacional Clemencia Caicedo, contando para ello con unas casetas prefabricadas; en 1967 se traslada al edificio, la sección masculina y se crea la sección femenina, en este sitio se establecen las dos jornadas (mañana y tarde).