Nuestro Colegio nació como escuela Rural en 1938 dando inicio a su construcción por la gestión del Consejo Municipal de Bosa. El nombre que tiene la institución, surge del general Francisco de Paula Santander, estadista y político, prócer de la Independencia de Colombia. 

En la década de los 70, hay un auge en Bogotá de construcciones escolares en los sectores de mayor crecimiento de población en los que se encuentra Bosa, con lo cual se busca resolver la necesidad de cobertura, con la ayuda de la comunidad se realiza una marcha de ladrillo y se construye un aula más y se adaptan espacios en la casona para atender a otros grupos de estudiantes.