El nombre del colegio surge del nombre del barrio que es el mismo. Eduardo Santos Montejo (Bogotá, 28 de agosto de 1888 Bogotá, 24 de marzo de 1974) fue un abogado, político y periodista colombiano, miembro del Partido Liberal y presidente de la República entre 1938 y 1942. Era descendiente de Antonia Santos, prócer de la independencia. Casado con Lorenza Villegas, con quien solo tuvo una hija (Clara) que falleció siendo niña. La institución inicia labores en 1996 únicamente con la primaria, la educación básica empezó cuando los primeros estudiantes terminaron el grado quinto, graduó estudiantes con título de bachillerato académico con énfasis en diseño y electrónica. Y desde el año 2006 se otorga el título de Bachillerato académico con profundización en diseño o electrónica; la primera promoción se realizó en el año 1999.