El nombre de la Institución Educativa fue propuesto por el entonces Consejo Directivo el cual tomó el nombre “Entre Nubes” del Parque Ecológico localizado en el extremo Sur - Oriental de Bogotá y que forma parte del grupo de cerros y montes que como estribaciones de la cordillera oriental de los Andes le dan una característica propia al paisaje de la ciudad. Esto a su vez marcó de manera enfática el énfasis de la institución la cual con el pasar de los años ha afirmado su compromiso ecológico y de cuidado del medio ambiente, precisamente por la reserva natural de la cual se originó su nombre.